כ-80,000 תלמידים בבתי הספר הערביים במזרח ירושלים לומדים מתוך תוכנית הלימודים הפלסטינית באמצעות ספרי לימוד בהוצאת הרשות הפלסטינית. מנח"י (מנהלת חינוך ירושלים) מקיימת פיקוח מסוים על ספרי הלימוד המשמשים בבתי-הספר הרשמיים, אשר במסגרתו ספרי הלימוד עוברים בדיקה והדפסה מחדש ללא קטעים שיש בהם מסרים עוינים או אלימים כלפי ישראל, אך ממסמך שהגישה מחלקת המחקר והמידע של הכנסת לוועדת החינוך עולה כי עד כה לא התקיים פיקוח דומה לגבי בתי-הספר המוכרים שאינם רשמיים המלמדים כ-20,000 תלמידים בכיתות היסודיות ועד לתיכונים.
מן המסמך שהוגש לוועדה עלה כי בעקבות דיון שנערך בוועדת החינוך של הכנסת ביולי 2010 פנתה לאחרונה מנח"י להנהלת משרד החינוך בבקשה לתוספת תקציב אשר תאפשר לקיים תהליך בקרה והדפסה מחדש של ספרי הלימוד הפלסטיניים גם לבתי-הספר המוכרים שאינם רשמיים במזרח-ירושלים. הנושא אושר עקרונית על-ידי מנכ"ל משרד החינוך והועבר להמשך טיפול. בנוסף העבירה מנח"י העבירה חלק מספרי הלימוד האלה לניטור ראשוני של אחד ממכוני המחקר המתמחים בנושא. למרות שממצאיו של הניטור הראשוני הצביעו, לטענת המכון שערך את הניטור, על הימצאותם של תכנים העלולים לעודד לאלימות ועל הצורך בבדיקה יסודית ומעמיקה יותר, טרם התקבלה החלטה רשמית לערוך בדיקה זו לקראת שנת הלימודים הבאה.
לדברי יו"ר ועדת החינוך, ח"כ אלכס מילר (ישראל ביתנו) "זה אבסורד שהמדינה מממנת את מוסדות הלימוד בחינוך המוכר שאינו רשמי, אך אינה יודעת אילו תכנים נלמדים במסגרתם". לדבריו, יש לפעול להאחדה של התכנים וליישום תוכנית לימוד ישראלית גם במוסדות החינוך במזרח ירושלים. עוד הוסיף מילר כי מנהל בית ספר אשר במוסד החינוכי אותו הוא מנהל נלמדים תכנים מסיתים, צריך לשאת באחריות פלילית. "תהליכי השימוע שמקיים משרד החינוך למנהלים שלא עמדו בנהלים, אינם משמעותיים. עדיף למנהל להגיע לשימוע במשרד החינוך מאשר להסתבך עם ראשי הרשויות הערביות וועדת המעקב של ערביי ישראל".